Jede antibiotische Therapie bei Cystischer Fibrose sollte gezielt nach Vorlage des Sputum-Antibiogramms erfolgen. Zusätzlich ist zu berücksichtigen, dass die Pharmakokinetik verschiedener Antibiotika bei CF anders ist. In der Regel werden höhere Dosen benötigt als bei anderen Patienten. Die Antibiotika müssen oral, intravenös oder inhalativ verabreicht werden.