Die b -Untereinheit ist hauptsächlich für die Bindung der Nukleotide (ATP, GTP, UTP, CTP) verantwortlich und spielt eine Rolle bei der Einleitung der RNA-Synthese. Dies kann dadurch gezeigt werden, dass das Antibiotikum Rifamycin durch Binden an die b - Untereinheit den Start der Transkription verhindert. Auch chemische Untersuchungen sprechen für eine Aufgabe beim Start, denn das erste Nucleotid am 5'-Ende der RNA lässt sich kovalent an die Seitengruppe einer Aminosäure in der b - Untereinheit binden. Die b - Untereinheit ist auch an der Wechselwirkung mit der RNA beteiligt.
Die b' -Untereinheit hat als wichtigste Aufgabe die Bindung des Enzyms an den Matrizenstrang, die DNA.
Die a-Untereinheiten halten das Enzym zusammen. Wie sich aus Untersuchungen über die Zusammenlagerung der getrennten Untereinheiten ergab, bildet sich zuerst ein Dimer aus den beiden a-Untereinheiten, an welches sich nacheinander die b - und die b'-Untereinheiten lagern. Die a -Untereinheiten vermitteln auch Kontakte des Enzyms mit der DNA in der Region des Promotors.
Die s- Untereinheit hat die spezielle Aufgabe, Startstellen der Transkription von Bakterien-Genen (-35 und -10 Position) zu erkennen.
