Die Choanalatresie tritt bei einer auf über 8000 Geburten auf. Sie ist einseitig 5 Mal häufiger und findet sich beim weiblichen Geschlecht 5 Mal öfter. Die primitive Mund- und Nasenhöhle sind vorerst nicht getrennt. Durch das horizontale Vorwachsen des Gaumenfortsatzes um die 8. Schwangerschaftswoche werden Mundhöhle und Nasenhöhle getrennt und die primitive Choane verschlossen. Hinter der Nasenhaupthöhle besteht zu dieser Zeit eine Membran, die die Nasenhöhle vom Epipharynx trennt. Durch Resorption dieser Membran bildet sich die sekundäre, definitive Choane.